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益生菌是一类当摄入一定数量水平时，对宿主健康有益的活的微生物。近年来，随着公众对健康营养需求的不断攀升，益生菌资源受到极大关注。乳制品是益生菌的主要载体，在酸奶、发酵乳饮料、奶酪、配方奶粉等领域均有益生菌菌株的广泛应用。研究表明，益生菌的功能性和安全性特征在菌株水平表现出较大差异，目前，我国对益生菌的应用主要采用名单制，其中可用于婴幼儿食品菌种名单已规定至菌株水平。国际乳品联合会（IDF）指南《B462/2013益生菌株水平鉴定》对常见的益生菌株水平鉴定方法进行了整体分析。2017年国际营养与特殊膳食用食品法典委员会（CCNFSDU）、国际乳品联合会（IDF）和国际益生菌协会（IPA）联合启动《食品用益生菌评价指南》修订项目，对益生菌的评价标准等进行全面修订。
益生菌菌株水平鉴定通常在菌种水平鉴定的基础上开展，通常采用全基因组测序（WGS）、脉冲场凝胶电泳（PFGE）和核糖体分型（Ribotyping）等基因分析技术。益生菌菌株特征分析主要包括菌株功能性和安全性研究，功能性评价主要针对菌株的有益构成、量效关系等，安全性评价主要从菌种产毒性、致病性和耐药性等方面进行研究分析。目前食品行业企业益生菌应用产品需求日益增长，益生菌表型分析技术和基因型分析新技术发展迅速，推动益生菌菌株鉴定和特征分析技术的研究和标准化进程，对促进益生菌在食品行业更加安全和广泛的应用具有重要意义。
